अपूर्ण सहलग्नता (incomplete linkage) एक प्रकार का आनुवंशिक विकार है जिसमें क्रोमोसोम पर उपस्थित जीन क्रॉसिंग ओवर के दौरान पृथक हो जाते है और 50 प्रतिशत से कम पुर्नसंयोजन मिलते है।