हाइड्रोजन जीवाणु (Hydrogen bacteria) एक प्रकार का रसायन संश्लेषी जीवाणु है जो मिट्टी में उपस्थित हाइड्रोजन तत्व को मीथेन एवं जल में परिवर्तित कर देता है।
हाइड्रोजन जीवाणु हाइड्रोजिनोमोनास एवं बैसिलस पेन्टोट्रोफस है।
हाइड्रोजन जीवाणुओं का नाम हाइड्रोजिनोमोनास एवं बैसिलस पेन्टोट्रोफस है।