अतिमत्स्यन ज्वारनद्मुख की प्रमुख समस्याओं में से एक है।
अपशिष्टों के ज्वारनद्मुख में एकत्रित होने से उत्पन्न प्रदूषण के कारण शैवाल प्रस्फुटन होता है।
अवसादीकरण ज्वारनद्मुख की प्रमुख समस्याओं में से एक है।